Управление Центром осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации, правовыми актами Санкт-Петербурга, Уставом и указаниями учредителя на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности. Единоличным исполнительным органом Центра является директор. Коллегиальными органами управления Центра являются Общее собрание работников Центра и Педагогический совет Центра.
Структурные подразделения в Центре отсутствуют.
В Центре ведется работа по совершенствованию и оптимизации управленческой деятельности. В 2012-2013 учебном году директор Центра Светлана Валентиновна Окунева закончила обучение по программе профессиональной переподготовки «Управление образованием как инновационным ресурсом общества» в рамках программы подготовки управленческих кадров для организаций народного хозяйства РФ при правительстве РФ. В качестве дипломной работы был разработан проект «Нормирование труда специалистов ППМС-Центра как управленческий элемент» и создан проект «Модель нормирования труда специалистов системы психолого-медико-социального сопровождения детей как инструмент управления качеством и мотивации к профессиональному совершенствованию». Совершенствование управленческой деятельности ведет к повышению производительности труда Центра, что отражается в статистических и аналитических отчетах. Работа в этом направлении требует постоянного самоконтроля и самообследования.